La seconde partie commence deux ans et demi après ; Naruto, Sakura et Sasuke ont chacun terminé leur apprentissage avec un des trois Sannin, tandis que l'Akatsuki commence à capturer les démons et leurs hôtes (tels que Naruto). L'histoire qui suit, narrée par les nouveaux épisodes de Naruto Shippūden (la version animée) se concentre sur leurs affrontements et la quête de Sasuke pour tuer son frère et le combat de l'Akatsuki contre les force de Konoha.
L'histoire commence avec l'enlèvement de Gaara, devenu kazekage, que l'équipe Gai et l'équipe Kakashi envoyées à la rescousse par Konoha, réussiront à tirer des griffes d'Akatsuki et à ramener à la vie, avec l'aide d'une aïeule de Suna.
Ayant glané un renseignement sur Orochimaru lors de cette mission, l'équipe Kakashi, complétée par Sai, un mystérieux membre imposé par une puissante section occulte de l'ANBU dont la mission secrète est l'assassinat de Sasuke, et par un membre de l'ANBU aux ordres de Tsunade, qui remplace Kakashi alité en tant que chef, part à la recherche d'Orochimaru pour tenter d'empêcher le transfert d'âme. Naruto, face à Orochimaru se transforme en démon renard à 4 queues et fait armes égales avec le Sannin ; Sai choisit ce moment pour trahir l'équipe et débuter sa mission réelle. Les deux missions seront mises en échec par la puissance du « nouveau » Sasuke, mais Naruto, parvenu au repère d'Orochimaru avec le reste de l'équipe retournera le c½ur de Sai, celui-ci voulant de ce fait à tout prix comprendre la nature des liens d'amitié qui poussent Naruto à aller si loin pour Sasuke.
De retour à Konoha, Naruto déprimé d'être si faible par rapport à Sasuke, commence un nouvel entraînement supervisé par Kakashi et destiné à lui faire maîtriser son affinité ninjutsu pour l'ajouter au Rasengan. Pendant ce temps, 2 membres de l'Akatsuki pénètrent au pays du Feu et massacrent tous les moines d'un temple, inquiétant grandement au village de Konoha. Envoyés sur les traces des ennemis, l'équipe d'Asuma (composée d'Asuma, Shikamaru et deux jōnins de Konoha) se retrouvera face à eux. Malheureusement, sans connaissance de la puissance des ennemis, Asuma se fera tuer et le reste de l'équipe, malgré le renfort de Chōji, Ino et 2 Jōnins supplémentaires, ne devra son salut que par le départ des deux ennemis appelés à une autre tâche urgente. Shikamaru, qui s'est senti impuissant face à la mort de son sensei combat alors ses démons ; après avoir élaboré une stratégie, il part avec le reste de l'équipe 10, venger son ancien maître. Kakashi les rejoint à la porte de Konoha pour les aider. Pendant que Shikamaru s'occupe de Hidan, l'assassin d'Asuma, le reste de l'équipe est en grandes difficultés face à l'autre ennemi. Apparaît alors Naruto (accompagné de Sakura, Sai et Yamato) qui a quasiment fini de mettre au point sa nouvelle technique qu'il utilisera sur Kakuzu, appelée Rasengan Shuriken (l'orbe shuriken). Vainqueurs, les ninjas des 2 équipes rentrent à Konoha, où, après analyse, Tsunade interdit la nouvelle technique à Naruto, trop dangereuse pour ses propres cellules.
Pendant ce temps, Sasuke, considérant qu'il n'a plus rien à apprendre d'un Orochimaru affaibli qui de plus ne va pas tarder à prendre son corps, se défait de lui non sans mal, grâce au Sharingan. Il conserve néanmoins le Sannin prisonnier dans son corps. Il part alors dans les différentes caches d'Orochimaru pour se constituer une équipe à partir des sujets de tests les plus puissants du Sannin et leur taulière qui a des pouvoirs spéciaux particulièrement intéressants. Avec cette nouvelle équipe, il part dans le but de trouver son frère et de le tuer. Sur la route, il tombe sur Deidara qu'il vaincra avec beaucoup de difficultés, devant sacrifier Manda pour échapper à l'explosion qui conclut le combat.
Au village de Konoha, Jiraya continue à glaner des informations sur l'Akatsuki, et devant l'urgence, décide d'aller enquêter au vilage d'Ame sur leur chef. Arrivé sur place, il est détecté par celui-ci qui s'avère être un de ses anciens élèves qu'il pensait mort, possesseur du dangereux Rinnegan qui lui permet de contrôler 6 corps.Après avoir battu 3 corps, Jiraya tombe, pris par surprise, non sans réussir à transmettre un message à Konoha avant de mourir à propos du secret de Pain. Durant le combat, il dévoile ses techniques Sennin, un style de combat très puissant appris auprès des ermites crapauds.
Arrivé là où Itachi lui a donné rendez-vous, le reste de son équipe devant rester en arrière avec le partenaire d'Itachi, le face-à-face tant attendu peut débuter. Mettant toutes leurs forces dans la bataille (illusions, puis techniques de feu, puis techniques spéciales), les deux frères font jeu égal jusqu'au moment ou Itachi, après avoir débarrassé Sasuke d'Orochimaru, tombe mort près de son frère vaincu. Lorsqu'il reprend conscience, Sasuke, immobilisé, doit apprendre que son frère s'est laissé tuer pour le protéger et qu'il n'a eu de cesse de tout faire pour son petit frère malgré son combat interne du à son statut secret d'agent double auprès de Konoha et de sa famille. Déchiré par le chagrin, et manipulé par un mystérieux membre de l'Akatsuki masqué se présentant comme Madara Uchiwa le fondateur évincé de Konoha, Sasuke décide de reformer son équipe pour aller détruire Konoha, ses dirigeants, et y massacrer tous les habitants.
À Konoha, apprenant la mort de son ancien maître, Naruto plonge dans la tristesse. Il aide Shikamaru à décrypter le message laissé par son sensei, puis décide de partir avec les ermites crapauds apprendre le Senjutsu, techniques Sennin. Pendant ce temps, Sasuke, qui a reçu l'ordre d'Akatsuki de capturer le démon à 8 queues Hachibi, ayant reçu la promesse de récupérer la puissance des bijū pour sa vengeance sur Konoha, est parti avec son équipe pour Kumo le village de la foudre où se trouve son hôte. Ils sont cependant dépassés par la puissance de leur adversaire Kira Hachi. Faisant appel à la technique Amaterasu, Sasuke finit par le vaincre ; ils le ramènent donc à l'Akatsuki, mais il s'avère qu'ils ont été trompés par une technique de transformation et ramené une simple tentacule du monstre.
Pendant ce temps, les 6 corps de Pain partent à l'assaut de Konoha pour y chercher Naruto. Après y avoir causé d'énormes dégâts lors de la recherche d'informations sur Naruto, il finit par détruire Konoha par une technique violente provoquant un souffle d'explosion. C'est à ce moment que Naruto revient. Après un combat remarquable où Naruto expose toute ses capacité nouvellement acquises, celui-ci semble vaincu par le corps de Pain le plus puissant qu'il n'a pas réussi à détruire. Survient alors Hinata qui se fait gravement blesser en voulant s'interposer ; soumis à une violente émotion, Naruto libère la quasi-totalité du pouvoir du démon renard jusqu'à presque rompre le sceau du 4e Hokage. C'est alors que celui-ci apparaît dans son subconscient et lui annonce qu'il est son père ; une fois le sceau réparé, Naruto reprend le controle de lui même et le mode Sennin. Il achève magistralement le corps de pain restant et s'en va vers la planque de Nagato qui contrôle Pain. Celui-ci, suite à une tentative ratée de l'entraver à nouveau, lui raconte comment il est devenu Pain... Après cette discussion, Naruto répond à la question que Nagato lui pose. Celui-ci, grâce au livre de Jiraya « Chroniques du ninja intrépide », est satisfait de la réponse et redonne vie à la population de Konoha qui a été tuée, puis meurt. Konan récupère son corps ainsi que celui de Yahiko et part en espérant que les espoirs de ses amis ont bien été transmis à Naruto ; elle précise également que amekagure sera du côté de Naruto.
Sasuke réapparaît et compte se rendre à Konoha pour assouvir sa vengeance ; un nouvel arc commence... Tsunade ayant utilisé trop de chakra pour soigner les habitants est tombée dans le coma. Kakashi est proposé comme Rokudaime Hokage. Beaucoup sont d'accord, mais Danzou argumente auprès du seigneur du feu, il dit à celui-ci que c'est à cause de la politique du Sandaime que tous ces évènements sont arrivés sur Konoha...Alors, le seigneur du feu élit Danzou comme Rokudaime...
